在消防工程维保期间，如果发现有他人未经许可擅自进行施工，应按照以下步骤处理：

1. 立即制止：首先，作为消防设施的所有者或管理者，你有权并应当立即出面制止这种违规行为，防止对消防设施产生进一步破坏或影响其正常运行。

2. 保留证据：记录下施工现场的状态、时间、地点等信息，并尽可能拍照、录像留存现场证据。

3. 报告有关部门：向当地消防管理部门报告此情况，详细说明擅自施工的情况及可能带来的安全隐患，请求他们依法介入处理。

4. 联系施工单位：如果知道施工单位是谁，可以与其直接沟通，明确告知其行为已经违法，并要求其停止施工，恢复原状。

5. 法律途径：根据《消防法》等相关法律法规，擅自改动、使用、拆除或者损坏消防设施的行为都是违法的，如对方拒不改正，可以考虑通过法律途径解决，追究其法律责任。

6. 加强监管：在问题解决之前，应加强现场的监管与巡查，确保消防设施的安全性和有效性不受影响。

总之，消防设施的维保工作关系到公共安全，任何未经批准的施工都必须严格禁止，以确保消防设施始终处于良好状态，随时应对可能发生的火灾事故。